中央研究院植物研究所自1994年起，由前所長周昌弘院士推動鴛鴦湖高山湖泊的長期生態系研究工作。承蒙農委會補助經費，於1998年興建鴛鴦湖工作站，得以處理樣品和免於餐風露宿之苦。鑑於山區氣候極度濕寒，原有的簡陋設施並不足以支應研究和生活的需求，採樣調查工作仍備嘗艱辛。
2004年中央研究院內部組織重整，本工作站已移交生物多樣性研究中心管理。蒙邵廣昭主任和中心同仁全力支持，遂由生物多樣性研究中心出資進行工作站內部修繕工程。藉由加裝防火材質的天花板和內壁，有效改善保暖的功能。另則為改建廚衛浴室隔間，克服通風、清洗的問題。
鑑於長期以來研究同仁的努力貢獻，鴛鴦湖的長期生態研究成效日受肯定。近年來吸引國內外各研究機構前來鴛鴦湖建立合作研究，本工作站的重要性日益彰顯。2005年7月，台電正式供電。本工作站無論在基礎設施和實質機能，均已開啟新的紀元。
鴛鴦湖位於台灣中北部的棲蘭山 (24°35′N, 121°24′E)。鴛鴦湖和其環繞湖泊周邊集水區的原始檜木林，已被規劃為自然保留區。國科會於1994年將此地選定為長期生態的研究樣區。自2004年加入全球湖泊生態觀測網絡，和國外研究團隊進行合作。
本研究中心所經營的鴛鴦湖工作站，包括可容納16人的住宿設施、湖中搭載研究設備的浮標（於2004年設立，可每10分鐘記錄水體溶氧、水溫、風速）、以及岸邊的氣象站（設立於1996年，可記錄降雨、氣溫、日照量）。此等設施可對外開放供研究之用。
工作站本體建築
湖中研究觀測用浮標
岸邊氣象站
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